Die Bindehautentzündung wird meistens von Viren oder von Bakterien hervorgerufen. Selbst mit dem Mikroskop ist eine Unterscheidung nur aufgrund des Anblicks nicht immer möglich.

Bei milden Formen ist die Behandlung symptomatisch, d.h. es werden Tropfen gegen die Hauptbeschwerden und bei viralen Infekten zur Verhinderung einer zusätzlichen bakteriellen Infektion gegeben. Bei einer virusbedingten Augenentzündung lässt sich die Ursache nicht bekämpfen, sie heilt meist spontan in 7-10 Tagen ab. Bakteriell bedingte Entzündungen können nur durch entsprechende antibiotische Augentropfen bekämpft werden. Ein stärkerer bakterieller Befall muss unbedingt mit Antibiotika behandelt werden, da sonst die Gefahr von Oberflächenschäden bis hin zu dauerhaften Narben oder Erblindung besteht. Er äussert sich meist in nicht nur morgendlichem gelbem Schleim, sondern auch in ständigem Verklebtsein der Augen.

Die Entzündung der Augenoberfläche durch Herpes dagegen bedarf immer einer intensiven Kontrolle und Therapie, da sie zu dauerhaften Narben mit starker Seheinschränkung führen kann. Ähnlich wie der Lippenherpes neigt der Augenherpes zu Rückfällen.